A lisszaboni szerződés kiterjesztette az emberi jogok védelmét az Európai Unióban. Egyrészt hatályba léptette az Unió alapjogi chartáját, másrészt kötelezte az Uniót, hogy csatlakozzon az Emberi jogok európai egyezményéhez. Ez az egyezmény nem az Unió keretei között jött létre, hanem 1950-ben az Európa Tanács tagállamai fogadták el.

Az Unió minden tagállama részese az egyezménynek, így a tagállami jogsértések esetén eljárhat a strasbourgi emberi jogi bíróság. Az Unió azonban, mivel nem állam, kívül maradt az egyezményen. Ugyanakkor saját bírósága, a luxembourgi Európai Bíróság nem speciális emberi jogi törvényszék. Ebből az intézményi struktúrából fakadt a gondolat, hogy az Unió csatlakozzon az Európa Tanács egyezményéhez.

A luxembourgi bíróság több évtizede következetesen hivatkozik az emberi jogok európai egyezményére és a strasbourgi bíróság gyakorlatára. A strasbourgi bíróság is tudatában van ennek, és egy határozatában kimondta, hogy az Európai Unióban és az Európa Tanácsban az emberi jogok azonos szintű védelme valósul meg. Sőt egyes ügycsoportokban, így például a transzszexuálisok és az azonos nemű párok magánszféráját és egyenlő jogvédelmét érintő ügyekben figyelembe vette a luxembourgi bíróság esetjogát.

1996-ban az Európai Bíróság azért utasította el az Unió csatlakozásának lehetőségét az egyezményhez, mert az alapszerződések nem adtak erre jogalapot. Mára ez a probléma megoldódott. A lisszaboni szerződés nemcsak lehetővé teszi, de kötelezi is az Uniót a csatlakozásra, sőt a szabadságon, a biztonságon és a jog érvényesülésén alapuló térséggel kapcsolatos új, ötéves stockholmi program mihamarabbi csatlakozást követel az Uniótól.

Mivel eddig csak államok lehettek részesei az egyezménynek, az Unió csatlakozása csak sajátos feltételekkel történhet. Az Európa Tanács oldaláról az egyezményhez fűzött 14. kiegészítő jegyzőkönyv tette lehetővé a csatlakozást, így az Európai Unió 48. szerződő félként ratifikálhatja a dokumentumot.

A menetrendet az Európai Unió működéséről szóló szerződés fekteti le. A csatlakozás folyamata tehát adott, azonban számos érdemi kérdés nyitott maradt, amelyek megválaszolása, csakúgy, mint a tárgyalások folytatása az Európa Tanáccsal, a spanyol-belga-magyar uniós elnökségi trióra vár. Nézzük, mely kérdéseket kellene tisztázni a jelenlegi belga, de még inkább a 2011-es magyar elnökség alatt.

Először, az emberi jogi egyezményhez utóbb számos kiegészítő jegyzőkönyvet csatoltak, amelyek újabb egyéni jogosultságokat ismertek el. Ám az egyezmény főszövegével ellentétben ezeket nem ratifikálta az összes uniós tagállam. Ennek fényében kérdéses, hogy az Unió mely jegyzőkönyveket fogadja el, illetve ratifikál-e olyan jegyzőkönyvet, amelynek nem minden tagállam részese, vagy amelyek vonatkozásában egyes tagállamok fenntartással éltek.

Másodszor, meg kell előzni a strasbourgi bíróság és a luxembourgi bíróság közötti joghatósági konfliktusokat. Tisztázni kellene, hogy mely esetjog irányadó, ha a két bíróság eltérő véleményre jut azonos vagy hasonló kérdésben. Ez nem csupán akadémiai probléma, hiszen találunk példát arra, hogy a két bíróság eltérően értelmezte ugyanazt a jogot.

Kérdés továbbá, hogy lehet-e Strasbourghoz fordulni a luxembourgi bíróság megkerülésével. Elvileg ugyanis lehetséges, hogy a belső jogorvoslati lehetőségek kimerítését követően közvetlenül a strasbourgi bírósághoz kerül egy ügy, anélkül, hogy a luxembourgi bíróság véleményt nyilváníthatna az esetről.

A két bíróság viszonyának kérdésében három állásponttal is találkozunk. Ahogy a luxembourgi bíróság elnöke korábban kifejtette, alapjogi kérdésekben a strasbourgi bíróságé az utolsó szó. Az Európai Parlament ugyanakkor egyáltalán nem tartja szükségesnek az Unió bírósága és az emberi jogi bíróság közötti viszony formalizálását. A luxembourgi bíróság szerint viszont csak akkor biztosítható az uniós jog alkalmazásának egységessége, ha ő dönthet az Unió jogi normáinak érvénytelenségéről. Általánosnak tekinthető elvi hozzáállás az Unióban, hogy a csatlakozásnak az uniós jog sajátosságainak megőrzése mellett kell megtörténnie. A csatlakozás semmilyen körülmények között nem kérdőjelezheti meg a luxembourgi esetjog által kidolgozott elvet az uniós jog autonómiájáról.

Tehát az európai emberi jogi bíróság nem állhat az Európai Unió bírósága felett, hiszen az utóbbi marad a legfelső fórum az uniós jogszabályok érvényességének vizsgálata során. Ennek biztosítására két forgatókönyv képzelhető el. Az egyik alternatíva szerint amennyiben egy kérelmező a strasbourgi bíróság előtt támadja meg az uniós jogot, a bizottság vagy a megtámadott tagállam kérheti az Unió bíróságát, hogy foglaljon állást.

A másik lehetőség a jogorvoslati lehetőségek kimerítésével kapcsolatos, hiszen az emberi jogi egyezmény szerint csak a legfelső jogorvoslati fórum döntése után fordulhat a kérelmező Strasbourghoz. Így uniós ügyekben szóba jöhet a tagállami bíróság előzetes döntéshozatali kérelme az Unió bírósága felé, kivéve azokat az eseteket, ahol a nemzeti bíróság ezt nem tartja szükségesnek.

További probléma, hogy a luxembourgi bíróság nem dönthet a közös kül- és biztonságpolitikát érintő kérdésekben, illetve tagállami rendőrség által végrehajtott intézkedések érvényességével vagy arányosságával, valamint a közrend és a belső biztonság megőrzésével kapcsolatos tagállami hatáskörök gyakorlásával kapcsolatban. Ezzel szemben annak nincs akadálya, hogy valaki ilyen ügyben a strasbourgi bírósághoz forduljon. Ez a helyzet nemcsak a két bíróság viszonyának problémáját érinti, de felveti a kérdést, hogy milyen mértékben tehető felelőssé egy tagállam az Unió nevében folytatott tevékenységért.

Harmadszor, felmerül a kérdés, hogy ha egy uniós tagállamot egy, a belső jogrendszerbe átültetett uniós szabály miatt támadnak meg, beavatkozhat-e a megtámadott állam mellett az Unió, illetve a kérelmező megtámadhatja-e az Uniót is. Amennyiben mind a tagállam, mind az Unió támadható, a strasbourgi bíróság esetleg arra kényszerülhet, hogy az Unión belüli vertikális hatalommegosztás, így végső soron a szubszidiaritás kérdésében is döntsön, ami pedig a lisszaboni szerződés szerint a luxembourgi bíróság hatásköre.

Ha mindezeket a hatásköri és eljárási kérdéseket sikerül tisztázni a közeljövőben, akkor megnyílhat a lehetőség, hogy az Unió intézményeinek döntései is emberi jogi bíráskodás tárgyává váljanak.